将牛胚胎移植到受体牛体内首先需要将胚胎“装载”到 1/4mL 的授精吸管中。这是在显微镜观察下借助 1mL 注射器完成的，需要大量的练习、耐心和技巧。退化的胚胎或等级很低的胚胎不需要装载，可以丢弃。就在胚胎移植之前，直肠触诊受体的卵巢以确定哪个卵巢已经排卵。在助手的帮助下撑开受精母牛的外阴，将输胚枪或授精棒小心地完全穿过子宫颈。然后让杆的尖端滑入具有活跃黄体的卵巢同一侧的角​​中。胚胎在子宫角的前端轻轻排出。要非常小心，不要对子宫内膜造成损害。这种炎症和疤痕会大大降低怀孕的可能性。胚胎冲洗和胚胎移植都是在给予硬膜外麻醉剂以阻断消化道收缩并有助于轻松操作子宫颈和子宫角后进行的。冲洗后应尽快移植胚胎（至少 8 小时内）。

 

冷冻和解冻过程也非常复杂，通常会导致用新鲜胚胎观察到的妊娠率降低大约 10% 到 20%，冷冻胚胎需要用到专门的胚胎冷冻仪，而解冻牛胚胎建议使用解冻杯完成（有些人图省事用体温解冻）。

 

预期的胚胎移植结果

 

母牛胚胎的生产在不同的供体间差异很大。每次超数排卵的平均产量约为 6 个可冷冻（优秀和良好）和 8 个可移植（优秀、良好、一般和差）胚胎。

 

怀孕率因冲洗而异，新鲜的平均为 60% 到 70%，冷冻的平均为 50% 到 60%。影响妊娠率的因素很多，如胚胎质量、受者、技术能力和供体牛。一些供体牛生产的胚胎的妊娠率始终高于其他类似等级胚胎的供体牛。最后一个因素似乎是无法控制和不可预测的。