牛胚胎移植第一步是选择供体牛。牛肉生产商对于选择基因优秀的奶牛的标准会有不同的看法。无论标准是性能记录、展示环吸引力还是两者兼而有之，都必须考虑她的小牛的潜在价值。成功转移妊娠需要相当大的费用。因此，新生小牛的销售价值应该足够高，以保证胚胎移植程序的额外费用。由于更常规地根据一个主要性状（产奶量）选择奶牛，因此与肉牛相比，关于供体奶牛的决定稍微简单一些。然而，经济方面的考虑同样重要。胚胎移植不是“万灵药”。它不会使普通牛变得好或好牛更好。它适用于数量有限的肉牛或奶牛种畜生产商，这些牛或奶牛可以作为一种或多种重要经济性状的品种或物种“改良剂”。
潜在的供体牛应该具有良好的繁殖能力以产生预期的结果。母牛应具有正常的生殖道和产后病史，尤其是发情期为 18 至 24 天。肉牛和奶牛都应至少在产后 60 天后才能开始转移程序。有人建议根据以下标准选择胚胎移植计划中的潜在供体奶牛：
• 从小就开始有规律的发情周期
• 每次受孕的繁殖史不超过两次
• 以前的犊牛大约间隔 365 天
• 无分娩困难或生殖异常
• 无构象或可检测的遗传缺陷
奶牛的营养水平应保持在适合其体型和产奶量的水平。非常肥胖的母牛和瘦弱的母牛都会降低生育能力，因此供体在胚胎移植时处于适当的身体状况评分很重要。
供牛的超数排卵
供体牛的超数排卵是胚胎移植过程的下一步。超数排卵是在一次发情期释放多个卵子。经过适当处理的奶牛或小母牛在一次发情期可以释放多达十个或更多的活卵。大约 85% 的正常可育捐赠者将对超数排卵治疗做出反应，平均有五个可移植胚胎。一些以 60 天为间隔重复排卵的奶牛可能会随着时间的推移产卵数量减少。超级排卵的基本原理是通过使用促卵泡激素 (FSH) 来刺激广泛的卵泡发育。超数排卵方案可能因胚胎技术人员而异，但一般而言，FSH 制剂会在正常发情周期的中期或接近尾声时每天两次注射 FSH 制剂，持续四天，而功能性黄体 (CL) 在卵巢上。在治疗计划的第四天进行的前列腺素注射会导致 CL 消退和大约 48 小时后发情期。
受体母牛的选择和准备
正确的受体群管理对于胚胎移植的成功至关重要。繁殖能力强、产犊容易并且具有良好的挤奶和母性能力的母牛是接受者的前景。它们必须处于适当的营养水平（肉牛的身体状况得分为 6，奶牛的身体状况得分为 3 至 4）。这些奶牛还必须参加健全的牛群健康计划。
很难知道每次冲洗一次供体需要多少头受体牛。很难确定一年内来自单个供体母牛的胚胎移植小牛数量的平均数字。条件变化很大，但如果在 12 个月内每 90 天对一头母牛进行一次冲洗，并且每次收集获得 5 次妊娠，则平均每年可能发生 20 次妊娠。一些奶牛每年通过胚胎移植生产超过 50 次怀孕，如果经济可行的话可能会生产更多。在前面提到的路易斯安那州的研究中，每头牛的平均胚胎数是 7.4 个。其中只有 58% 是可移植的，平均每次可移植 4.3 个胚胎。
为了最大限度地提高移植后受体雌性胚胎的存活率，受体生殖道的条件应与供体的条件非常相似。这需要捐赠者和接受者之间的发情周期同步，最好在一天之内。接受者的同步可以以与供体奶牛相似的方式和相同的工作时间完成。有许多不同的发情同步协议，每种协议各有优缺点。关于受体母牛发情同步的关键点是时间必须与捐赠母牛的授精时间相匹配，以便捐赠者和接受者在转移发生 7 天后具有相似的子宫环境。同步产品对已经骑自行车的接受者女性更有效。产后几天太瘦或太短的“无发情”或非周期性奶牛不会成为有用的接受者。
