通过负压泵收集牛卵母细胞的液体中一般会混有血液，因此需要使用卵母细胞过滤器进行过滤。但使用这些过滤器进行过滤清洗时，卵子周围的卵丘细胞可能会脱落，因此需要注意。同时，清洗液可以使用使用添加了1%小牛血清的DPBS，乳酸加磷凝胶液等。
（1）卵母细胞过滤器过滤卵泡
从采集液中检索卵子首先通过过滤器，这个过滤器筛网是75微米的尼龙筛网，可容纳150ml液体，确保符合要求的卵泡不会通过，但是采集液中含有的血细胞和小细胞会通过，所以放入新的清洗液，含有血液的红色采集液就会变得透明。
过滤器过滤牛卵母细胞操作流程如下所示：
① 将10毫升清洗液（1%CS乳酸林格氏液）加入过滤器中
下面是细节讲解：
为防止在过滤过程中卵丘细胞损伤，清洗液需要缓慢的沿着过滤器壁注入（看下图），等待液体慢慢排除，重复该操作直到采集液变透明。
通常3～4次过滤后红血球消失，采集液变透明。
采集液变透明后，将过滤器的侧面及底面接触实验台使其振动，使卵子、夹杂物及粘液等在液体中浮起来，并转移到培养皿中。
此时，检查过滤器上是否有粘液等附着。然后放入约20ml的清洗液，通过向移液管吸引液体，将粘液等从过滤器上剥离，使吸引到移液管的液体通过侧面传递回到过滤器内。反复进行该作业，从过滤器上剥离粘液和血饼，将采集液转移到检索用培养皿中。最后，将10ml的清洗液放入过滤器中，仔细筛选过滤器，将液体转移到检索用培养皿中。
通过过滤器的过滤清洗结束。用显微镜（10～20倍）一个一个地检索培养皿中的卵母细胞，放入了10%小牛血清添加DPBS的35mm培养皿收集卵子。在过滤器内进行吸液的话，卵丘细胞会剥离，所以尽量不要进行吸液。另外，因为采集到的卵子的透明带很柔软，所以和体内受精胚胎一样，如果进行剥离的话，不仅卵丘细胞会脱落，卵子也会损坏，结果采集的卵子会变少。因此，需要如上所述的慎重操作。
过滤器过滤牛卵母细胞操作流程如下所示：
① 将10毫升清洗液（1%CS乳酸林格氏液）加入过滤器中
② 将收集到的液体放入过滤器中
③ 用清洗液清洗盛有采样液的离心管，缓慢插入过滤器中（重复两次）
④ 缓慢过滤，直至只剩下少量样品：尽量减少过滤步骤。
⑤ 沿过滤器壁倒入20毫升清洗液。
⑥ 将过滤器的底部和侧面牢固地放在桌子上，以除去过滤器上附着的粘液和血凝块：严禁移液，因为这可能会导致卵丘细胞脱落
⑦ 重复步骤（④⑤⑥），直至收集的液体变得澄清。
⑧ 当收集的液体变得透明时，将其转移至90-100mm培养皿中。
⑨ 检查过滤器（网孔部分）上无粘液或血块，加入20毫升清洗液。
⑩ 用移液器慢慢吸出粘液和血块，将其从过滤网片上除去。
⑪ 过滤后，加入10ml洗涤液，按⑥除去粘液和血块，转移至⑧培养皿中。
⑫ 最后，将 10 ml 洗涤液倒入过滤器中，用移液器吹打去除筛网上残留的颗粒，并将溶液转移至 ⑧ 中的培养皿中。
⑬ 如果有大的血凝块，按步骤⑤收集到离心管中，松开（通过移液或用剪刀剪成小块），步骤⑫完成后通过过滤器过滤[视频⑩]
⑭ 将收集液转移至90-100 mm培养皿中并收集卵。
下面是细节讲解：
为防止在过滤过程中卵丘细胞损伤，清洗液需要缓慢的沿着过滤器壁注入（看下图），等待液体慢慢排除，重复该操作直到采集液变透明。
通常3～4次过滤后红血球消失，采集液变透明。
采集液变透明后，将过滤器的侧面及底面接触实验台使其振动，使卵子、夹杂物及粘液等在液体中浮起来，并转移到培养皿中。
此时，检查过滤器上是否有粘液等附着。然后放入约20ml的清洗液，通过向移液管吸引液体，将粘液等从过滤器上剥离，使吸引到移液管的液体通过侧面传递回到过滤器内。反复进行该作业，从过滤器上剥离粘液和血饼，将采集液转移到检索用培养皿中。最后，将10ml的清洗液放入过滤器中，仔细筛选过滤器，将液体转移到检索用培养皿中。
通过过滤器的过滤清洗结束。用显微镜（10～20倍）一个一个地检索培养皿中的卵母细胞，放入了10%小牛血清添加DPBS的35mm培养皿收集卵子。在过滤器内进行吸液的话，卵丘细胞会剥离，所以尽量不要进行吸液。另外，因为采集到的卵子的透明带很柔软，所以和体内受精胚胎一样，如果进行剥离的话，不仅卵丘细胞会脱落，卵子也会损坏，结果采集的卵子会变少。因此，需要如上所述的慎重操作。
（2）使用微型卵母细胞过滤器过滤
也有使用微型卵母细胞过滤器来过滤采样液体的， 将微型卵母细胞过滤器放入 50ml 离心管中，加入样品溶液，然后过滤。 从离心管中取出过滤器，沿管壁缓慢倒入洗涤液，直至收集液或过滤器的网面上没有血液。接下来，将过滤器倒置在 90-100 mm 培养皿上，用注射器将清洗液喷在网片背面，将附着在网片上的卵泡连同异物和粘液一起冲洗下去。最后，检查网片表面是否有异物或粘液。
